Skeppshallen i museet är som en enorm museimonter för Vasa, världens största arkeologiska skeppsfynd  Det ställer mycket stora krav på hallens inomhusklimat. För att kunna bevara Vasa för framtiden har Vasamuseet en specialbyggd klimatanläggning. Den kan hålla relativ luftfuktighet och temperatur stabila dygnet runt och året runt. 

Ett stabilt klimat är en av de viktigaste aspekterna i bevarande av arkeologiskt material - inte minst av trä som är väldigt känsligt för fuktförändringar i omgivningen. I för hög luftfuktighet främjas biologiska aktivitet och de kemikalier som användes för att konservera Vasa kan mjukna och börja dra till sig damm. Är luftfuktigheten för låg kan träet börja torka, krympa och spricka.

De saltutfällningar som har utvecklats på Vasa genom åren beror delvis på ett instabilt klimat i skeppshallen, framför allt vad gäller den relativa fuktigheten (RF). Det äldre klimatsystemet kunde inte hantera de besöksmängder museet hade, speciellt inte när vädret utanför museet var fuktigt. Under 2004 uppgraderades klimatsystemet och håller numera en relativ fuktighet runt skeppet på mellan 51-59 procent RF.

Temperaturen i skeppshallen hålls runt 18-20°C. Det är en balans mellan bevarandekrav och besökarnas bekvämlighet. Det skulle egentligen vara bättre för skeppet om temperaturen var lägre, eftersom höga temperaturer kan accelerera kemiska reaktioner och biologisk aktivitet.

Läs mer om museets klimatsystem i artikeln Vasa's New Climate-Control System.

Ljus

I Vasamuseet hålls en medvetet låg ljusnivå. Det är för att organiskt material kan brytas ner av starka ljusnivåer, speciellt av ljus som innehåller ultraviolett strålning (UV). Därför hålls ljusnivån i museet under 100 lux och dagsljus tillåts inte träffa skeppet utan att först ha passerat genom UV-filter som har placerats på alla fönster i skeppshallen.

Damm

Med mer än en miljon besökare per år samlas det snabbt damm i museet. De publika delarna i museet städas varje dag men att städa skeppet är ett mer komplicerat arbete. Alla utvändiga ytor på skeppet, och riggen städas en gång per halvår med dammsugare och borstar. För att nå alla delar av skeppet använder vi den rörliga plattformen i aktern, en skylift och en kran i museets tak.